Никто не запрещает почистить реестр руками, это не сложнее обычного удаления директорий на жестком диске
Правда, утилита все же сама справляется со своей задачей, и ковырять реестр руками нет необходимости, может быть, есть программы которые прописываются в реестре по хитрожопому и их просто так оттуда не удалить, но, пока что, я с таким не сталкивался.