Предлагаю добавить руны, у которых положительные характеристики будут сильнее просто больших, но взамен они будут ухудшать какой-то другой параметр, например:
Оскверненная руна огня: Увеличение мастерства 5%, уменьшение здоровья 1.5-2% (Значения от балды, но идею я изложил)
Крафт, к примеру, будет 50%, из больших рун (из одной руны) + осквернитель, который будет отдельно кравтиться из новых ресурсов, "оскверненные камни", называйте как хотите.